Την τελευταία του πνοή άφησε ο Προκαθήμενος της Εκκλησίας της Κύπρου, Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β’, σε ηλικία 81 ετών. Ο Μακαριώτατος έδωσε σκληρή μάχη με τον καρκίνο τα τελευταία τέσσερα χρόνια και υποβλήθηκε σε διάφορες χειρουργικές επεμβάσεις και θεραπείες στην Κύπρο και το εξωτερικό.
Είχε μιλήσει πολλές φορές δημόσια για την περιπέτεια της υγείας του, ακόμη και κατά τη διάρκεια επίσκεψης στο Ογκολογικό Κέντρο της Τράπεζας Κύπρου τα Χριστούγεννα του 2021. Επισήμανε τότε ότι: “η ασθένεια αυτή κάποτε ήταν ανίατη, τώρα όμως όχι. Η ιατρική επιστήμη συνεχώς προχωρά και εξελίσσεται και χαρίζει την ίαση σε πολλούς συνανθρώπους μας, που ταλαιπωρούνται από αυτή την ασθένεια. Κι εγώ προσωπικά, για περισσότερο από 3,5 χρόνια, αντιμετωπίζω αυτή την ασθένεια, αλλά δόξα τῷ Θεῷ, είμαι ευγνώμων προς τους ιατρούς, τους νοσηλευτές μας, που στέκονται πάντοτε κοντά μας και μας φροντίζουν.”
Στον Αρχιεπισκοπικό θώκο αναδείχθηκε τον Νοέμβριο του 2006.
